Borelioza dzieli się na trzy fazy kliniczne: wczesną miejscową (ograniczoną), wczesną rozsianą i późną. Do pierwszych objawów boreliozy można zaliczyć ogólne osłabienie, gorączkę, bóle głowy, bardzo często też pojawia się charakterystyczny rumień, który poszerza się obwodowo, a centralnie ustępuje. U dużej części zarażonych osób stwierdza się także zapalenie mięśnia sercowego. Po około roku od zakażenia borelioza przechodzi w postać przewlekłą, chory może odczuwać zawroty głowy, dreszcze, problemy z koncentracją, bóle korzeniowe. Do zakażenia boreliozą może dojść nawet podczas wbijania się kleszcza w skórę. Zaatakowane przez boreliozę mięśnie ulegają zanikowi lub paraliżowi, a układ nerwowy podrażnianiu i zatruciu neurotoksynami, co powoduje wiele objawów i powikłań ze strony tego układu.